Аладжа манастир е разположен на 17 км. североизточно от Варна в отвесен скален масив на Франгенското плато, висок почти 40 метра. Той принадлежи към голяма група естествени пещери, част от меките варовикови утайки на дъното на древното Сарматско море. Истинското християнско име на манастира е неизвестно, предполага се, че "аладжа" се нарича от времето на османското владичество. Аладжа в превод от арабско-персийски означава пъстър, шарен - име, дадено му вероятно на запазилите се до онова време стенописи от параклиса.

Първите проучвания започват да извършват братя Шкорпил, като грижа за неговото стопанисване поемат Варненско археологическо дружество и музей.

Скалната обител Аладжа манастир се състои от две равнища, като на първо са манастирска църква, верига от монашески килии, църква за заупокойни молитви, кухня с трапезария, крипта. На второто ниво се намира естествена голяма скална ниша, в края на която е разположен малък параклис, до който се стигал чрез дървена стълба от долния етаж, където се намирала църкавата за заупокоини молитви. Тук най-добре са съхранени оргиналните средновековни стенописи, поради трудния достъп.

Западно от манастира в гъстата растителност на природен парк "Златни пясъци" се намират още една група пещери, именовани от Карел и Хермин Шкорпил като "Катакомбите" - вероятно отшелнически килии и гробници на монаси на три нива. Смята се, че са обитавани през раннохристиянската епоха (IV-VI век), основание за което са намерените фрагменти от керамика, монети и врязани кръстове. По-късно, през XIII-XIV, "Катакомбите" и "Аладжа" манастир оформят един по-голям монашески комплекс. Прекратили активното си съществуване през XVII - XVIII в.

На територията на комплекса се намира и музей, в които можете да видите възстановка на Аладжа манастир и "Катакомбите", икони и църковни принадлежности. На втория етаж се намират част от подови мозайки на втората Раннохристиянска базилика, открита на ул."Хан Крум".